Hz. Muhammed’in yaşadığı dönemde, Kuran okuma yöntemleri üzerine dersler verilen Medine yakınlarında bir ev vardı. Darülkurra denilen bu evde, hafızlar çeşitli üslup ve makamlarda Kuran okur, dil dersleri alırdı. İslam eğitimi veren bir başka yer de, taş duvarlı hurma dalı çatılı Mescid-i Nebevi’nin yanında bulunan suffaydı. Gençler, bekarlar, yoksullar ve işsizler, vakitlerini Peygamberin çevresinde geçirerek Kuran ve Sünnet eğitimi alırlardı. İslam dünyasının eğitim ve öğretim kurumu olan medreselerin doğuşunda, işte bu iki olaya işaret edilir. Fakat medrese adıyla anılan ilk kurum, Horasan’ın Nişabur kentinde, fakih ve muhaddis Ebu Bekir Ahmed tarafından kurulan 1000 öğrencilik darüssünnedir.
Medreseler, devlet adamları veya zenginler tarafından alimler ders versin diye yaptırılırdı. Fakat ulemanın içinde varlıklı olanlar da medrese kurmuş; hatta bir alim kendi yaptığı takkeleri satarak medresenin yanına kütüphane ve hastahane inşa ettirmiştir. Bu dönemde, yani medrese deyince hemen aklımıza gelen Nizamiye Medreseleri henüz açılmamışken; Bağdat, Nişabur ve Semerkant başta olmak üzere otuzdan fazla medrese kurulmuş, vakıflar tahsis edilmiştir.
Nizamiye Medreseleri ile bu kurumlar yüksek öğretim kurumu niteliğine kavuşmuş, sonra gelen devletlerin medrese yapılarına örnek teşkil etmişlerdir. Selçuklu Devleti’nin müesseseleşmesinde önemli rol üstlenen bu kurumlar, Siyasetname’nin yazarı Nizamülmülk’ün teşebbüsüyle yapılmış, başına da İmam Gazali getirilmiştir. Vezirliğini yaptığı Alpaslan’ın da çabalarıyla, Nişabur ve Bağdat’tan sonra, İsfahan, Belh, Herat ve Basra gibi kentlerde de Nizamiye Medreseleri kurulmuştur. Bu sistemin, Selçuklu yönetimine devlet adamları yetiştirmesi bir yana, Şii propagandalarına karşı toplumu ortak bir fikir ve emel etrafında toplamasıyla da çağına ve sonraki dönemlere önemli etkileri olmuştur.
İran topraklarındaki medreseler, Moğol saldırılarından sonra ülkede istikrarı sağlayan Gazan Hanla birlikte tekrar düzene girmeye başladı. Dönemin en iyi eğitimini veren Rükniyye Medresesi’nin yanında onlarca yeni medrese açılmış, bazıları asırlarca faaliyetlerini sürdürmüşlerdir. 16. yüzyılda, artık medrese sistemi tamamiyle oturmuş, Safevilerle birlikte sayıları 100’ü aşmış ve güçlü bir Şii öğretim geleneği oluşturulmuştur. Bu istikrarlı yapı 1851’de Batılı anlamda ilk üniversitenin açılmasıyla çatırdamış, medreseler yalnız dini ağırlıklı öğretim merkezleri haline gelmiştir. Ulema tarafından bazı itirazlar yapıldıysa da, alınan karşı tavır, modern eğitimin etkisini zayıflatamamıştır. 1979’daki rejim değişikliğiyle birlikte de, geleneksel medrese eğitiminde çeşitli yenilikler yapılmıştır.
Medreseler, sultanların, nüfuzlu devlet adamlarının ve zenginlerin vakfettikleriyle gelirlerini sağlıyorlardı. Muhaddis denen hadis hocaları, çevresindeki hadis şeyhlerinin ilmi durumlarını bilirdi. Hafızlar, öğrencileri ezber hususunda eğitir, müfessirler Kuran ayetlerini açıklardı. Muallimü’l-küttab ise çocuklara İslam’ı öğretirdi. Bu tür derslerin yanında, mantık, tıp, geometri gibi akli ilimler de okutulması, Batı dünyasında büyük etki yapmış, İbn Rüşdcülükle birlikte, skolastik anlayışı zedelemiş ve birçok müslüman bilgin ders vermek amacıyla İspanya’ya gitmiştir.
